A method for determining the methylation rate of a nucleic acid

Procédé servant à déterminer le taux de méthylation d'un acide nucléique

Abstract

L'invention concerne un procédé servant à déterminer quantitativement le taux de méthylation d'un acide nucléique grâce au séquençage. Selon l'invention, le procédé comprend au moins les étapes suivantes consistant à : a) traiter l'acide nucléique avec un réactif chimique ou une solution contenant une enzyme, ce par quoi le comportement d'appariement des bases pour les bases de type cytosines méthylées et/ou les bases de type cytosines non méthylées de l'acide nucléique est modifié de façon à ce que les bases de type cytosines méthylées deviennent distinguables des bases de type cytosines non méthylées ; b) introduire dans l'acide nucléique au moins une base servant à générer un signal de séquençage à utiliser en tant que signal de référence pour la normalisation ; c) séquencer l'acide nucléique, ce par quoi on obtient un signal provenant de chaque base de type cytosine de l'acide nucléique ou un signal provenant de chaque base de type guanine de l'acide nucléique et un signal de référence provenant de ladite ou desdites bases introduites ; et d) normaliser le signal obtenu à partir de chaque base de type cytosine de l'acide nucléique ou le signal obtenu à partir de chaque base de type guanine de l'acide nucléique par rapport au signal de référence provenant de ladite ou desdites bases introduites.
The invention relates to a method for quantitatively determining the methylation rate of a nucleic acid through sequencing. According to the invention, the method comprises at least the following steps: a) treating the nucleic acid with a chemical reagent or an enzyme containing solution, whereby the base pairing behavior of methylated cytosine bases and/or unmethylated cytosine bases of the nucleic acid are altered such that methylated cytosine bases become distinguishable from unmethylated cytosine bases, and b) introducing into the nucleic acid at least one base for generating a sequencing signal to be used as a reference signal for normalization, and c) sequencing the nucleic acid, whereby a signal from each cytosine base of the nucleic acid, or a signal from each guanine base of the nucleic acid and a reference signal from the at least on introduced base is obtained, and d) normalizing the signal obtained from each cytosine base of the nucleic acid, or the signal obtained from each guanine base of the nucleic acid to the reference signal from the at least one introduced base.

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